このところ情報収集ソフトのYojimbo体験版を使っているのですが、なかなか良い感じです。似たようなソフトで、emacs上で動くhowmをずっと使っていたのですが、テキストファイルしか扱えないことに難があって、PDFやサウンドファイルも扱えるものを探していたのです。
Yojimboでは、ウェブブラウザから直にPDFやブックマークをデータベースに送信でき、検索も一発でできます。各データにはdel.icio.usのようなタグ付けができるのも良いところ。タグではなく、階層フォルダに入れていく方法だと「このサイトは心理学にも音響学にもプログラミングにも関連してるんだよな」という迷いが出てきてしまうのです。
howmのようなスケジュール機能や一覧機能があるともっと便利になるんだろうなー、というのが率直な感想。もうちょっと情報の一覧性が高いと便利になりそうなソフトです。ちなみに内部で使用されているデータベースはMac OS X標準装備のsqliteでした。