メインマシンにMacBook Pro 13"を使っているのですが、500GBあるHDDの残り容量が30GBに近くなってきたあたりから動作速度が徐々に遅く感じられるようになってきました。HDDへのアクセスが多くなっていて動作が遅くなっているような気がしたのでSSDに換装しようかとも考えましたが、いらないファイルを50GBほどシェイプアップしたところ、かなり速度が改善されました。
Mac OS Xは仮想メモリのスワップ領域をパーティションとして確保しているわけではなく、必要な分を動的に(ファイルとして)確保しているので、HDDの残り容量が少なくなると、仮想メモリの速度に影響があるのかもしれません。